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说起菌群移植，这项技术由来已久。1700年前东晋时期葛洪《肘后备急方》中记载用人粪清治疗食物中毒、腹泻、发热并濒临死亡的患者；明代李时珍《本草纲目》中也曾记载了二十多种用人粪治病的疗方；2013年，美国将菌群移植写入复发性艰难梭菌感染的治疗指南；随后菌群移植逐渐被写入儿童粪菌移植、艰难梭菌感染、炎症性肠病、肝硬化肝性脑病、慢性便秘、急性移植物抗宿主病等指南共识；2019年《生物医学新技术临床应用管理条例》将其评为中低风险生物医学新技术；目前菌群移植已在广东、上海、安徽、河南、云南等共计14个省份具有正式的收费编码。

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